Die Leitung des Projektes lag in den Händen der Beauftragten für Agenda 21/Öffentlichkeitsarbeit sowie den Mitarbeiterinnen des Sachgebietes Wirtschaftsförderung des Stadtentwicklungsamtes. Mit der Unternehmensberatung wurde die Gesellschaft für Umweltmanagement (GUM) aus Witzenhausen beauftragt.

Die Stadtverwaltung startete im Frühjahr 2002 mit 12 Unternehmen die 1. ÖKOPROFIT-Runde. Am 4. November 2003 konnten folgende Unternehmen aus Mühlhausen (9) und Schlotheim (2) zur Abschlussveranstaltung aus den Händen von Staatssekretär Stefan Baldus (CDU) und Oberbürgermeister Hans-Dieter Dörbaum den Titel "ÖKOPROFIT®-Betrieb 2003" entgegen nehmen: Baubetriebshof, CNN Computer- und Netznotruf, Mühlhäuser Fleisch GmbH, Regionalbus GmbH, Seil- und Hebetechnik Montag, Sitex GmbH Schlotheim, Sparkasse Unstrut-Hainich, Stadtwerke Mühlhausen GmbH, Stempel Mock, Thüringentherme, Waschbär GmbH